為了保證穩定同位素示蹤試驗的成功，而又不浪費同位素標記物質，必須根據試驗中示蹤物被稀釋的程度認真選擇標記物的豐度。對一般的¹⁵N示蹤試驗，使用¹⁵N為 30atom % 豐度以下標記物即可；對¹³C示蹤試驗，通常使用50 atom % 以下的¹³C標記物質。

所謂一般情況，指稀釋倍數不大的短期試驗；當進行同位素示蹤的長期試驗，或多年生、大型植物的示蹤試驗時，可考慮使用加高豐度的同位素標記物質。

但在農業、生態和壞境科學研究中，一般應該杜絕使用同位素豐度> 90 atom % 的標記物。

切記同位素標記的豐度并不是越高越好，例如實際中添加的¹³C標記物材料豐度一般不會用太高，略高于自然豐度（1.108atom %）即3 atom% 左右即可達到比較滿意的效果。用高豐度的標記物進行試驗，成本相應提高；最重要的是，在同位素質譜測定過程中，有可能因其豐度過高而無法進行準確地測定，因為高豐度樣品會對測定系統造成污染，對測定儀器的維護不利。如果研究者不確定其標記豐度，建議先做預試驗進行判斷。