存在于自然界的沼氣，是免費的天然氣體燃料。傳統耕作方式中的堆肥，讓人類很早就已認知它的存在。經過分析表明沼氣是多種氣體的混合物，一般含甲烷 50～70%，其余為二氧化碳和少量的氮、氫和硫化氫等。雖然沼氣是一種有效的能源，但是由于它的主要成分是甲烷，在使用時總是引來對于環保問題的擔憂。

  甲烷是優質的燃料，但同時也是令人擔憂的溫室氣體，其在溫室氣體中排名第2，僅次于二氧化碳。與空氣相比，甲烷的重量是0.54，又不容易溶于水中，以致很容易逸散至大氣中。甲烷的全球升溫潛勢（GPW），以100年週期來計算為25，也就是相同單位二氧化碳的25倍；然而如以20年週期來計算，GPW則高 達72！在全球升溫的議題上，甲烷排放是一個必須正視的問題，其嚴重程度并不亞于節能減碳。

  自然界的甲烷排放可分為自然與人為兩種來源，根據美國環保署（EPA）的統計方式，甲烷的排放包括：濕地、森林大火、林地、腸道發酵、垃圾掩埋場、水稻栽培等。其中濕地與水稻田分屬自然與人為兩種因素，由此可以簡單看出沼氣厭氧的特性；至于腸道發酵這項議題則在近日沸沸揚揚，主因為世界觀察研究所（WWI）日前由Robert Goodland發表一篇報導，認為人類養殖的牲畜與其副產品，總二氧化碳排放當量達325.64億公噸，占全球總排放量的51％，而腸道 發酵就是其中的大宗。該報告列舉許多被忽視的各式排放，包括動物的呼吸等，不過目前在科學上并未有所定論。

  當然，沼氣只是甲烷排放的一環，兩者并不能劃上等號，不過卻對沼氣的使用做出了一些提醒：第一是必須注意人為制造的沼氣可能對環境帶來的問題，特別是逸散的問題，反而生質能節約碳排放的功能產生疑義；第二是針對現有的人為沼氣排放，可以有更多元的利用，例如垃圾掩埋場的沼氣處理發電，而牲畜養殖業也具有相當的能量；第三是沼氣儲存與使用的技術必須提升，以解決環境問題，此舉有助于跳脫單元獨立的操作，而能朝系統化發展。

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